בקיבוצים פועלים מעונות, גני ילדים, שבעה בתי ספר יסודיים וארבעה בתי ספר על יסודיים. המועצה תומכת בבתי הספר במתן שירותים ובתקציבים וכן משקיעה בפיתוח מערכות חינוך מיוחד ומפעילה תוכניות למניעת נשירה.
אגף החינוך פועל לחיזוק הקשרים בין בתי הספר ומערכות החינוך בקיבוצים בראייה אזורית, מחזק את הגנים ובתי הספר ומסייע ביצירת שותפויות במערכת החינוך בין ישובים ורשויות. כל זאת במטרה להציע לכל תלמיד מערכת חינוך איכותית ומגוונת המתאימה לו כמה שיותר.
אנו עמלים על טיפוח כיתות לחינוך מיוחד המשולבות בבתי הספר, על שיפור ההתמדה בבתי הספר (סיוע במניעת נשירה) תוך סיוע במציאת פתרונות בתוך ומחוץ לבתי הספר.
המועצה עוסקת בפיתוח פרויקטים חינוכיים באזור, כגון "בית ספר מנגן", רדיו חינוכי, למידה מרחוק, חינוך לאיכות הסביבה ועוד. במקביל הקימה מועצה אזורית הגליל העליון מוסדות משלימי חינוך, כמו מרכז קלור לאומנויות הבמה, והקמנו את מכינות הגליל העליון.