מחלקת הביטחון אמונה על בטחון התושבים ורכושם בתחומי הישוב ובשטחיו החקלאיים, בשעת חירום ובשעת שגרה.
המחלקה אחראית על אחזקת מרכיבי הביטחון ושדרוגם, החזקת והפעלת מערך חירום הכולל תרגולות ומחסני ציוד לשעת חירום. בשעת חירום מפעילה המחלקה מוקד חירום.
מייצגת את המועצה ותושביה בנושאי חירום וביטחון מול גורמי חוץ ובהם משרדי ממשלה, צה"ל, משטרה וכיבוי אש.
אחראית על קשר ותיאום בין הגורמים העוסקים בביטחון, שירותי חירום והצלה וריכוז ועדת משק לשעת חירום (מל"ח).
משתתפת באחזקת מקלטים בקיבוצים, הפעלת מחסני חירום במועצה, הפעלת מחסן נשק והפעלת מוקד חירום במועצה בעזרת תקציבים שאושרו על ידי הממשלה והמועצה.