המועצה עוסקת בליווי השייט בנחלים מאז הקמת הענף, בשנות ה-90 המוקדמות, בהסתמך על חוק העזר "שמירת הסדר, הנקיון והבטיחות בגנים ובנהרות" שבו פרק שלם העוסק בשייט בנחלים וממנו נגזר "היתר הפעלה" שניתן כל שנה מחדש לכל תחנת שייט בנפרד שעומדת בדרישות ובקריטריונים שנקבעו בחוק עזר ובחוברת "שייט בנחלים".
במהלך עונת השייט (אפריל - אוקטובר) מפקחת המועצה בעזרת פקח יעודי ומקצועי על מילוי תנאי הבטיחות שעל פיהן התחנות צריכות לפעול.
המועצה מסייעת לתחנות בהכשרת עובדיהן לקבל הסמכה למדריך שייט כדי להעלות את רמתם המקצועית, לשפר את ביטחון השטים בנחלים ולהקטין לאפס את התקלות בזמן השייט.